1941年12月8日，日军开始进攻香港，并在当日轰炸启德机场，迅速地把英国皇家空军的飞机及设施摧毁。香港在同年12月25日起被日本占领。日军在1942年3月扩建启德机场，招募了数千名工人炸毁古迹宋王台，利用得来的石头在原有的07/25跑道以外建造了一条横跨清水湾道的13/31跑道。13/31跑道当时长1，371米，在1943年年底建成，机场西北面的九龙城寨石墙，及邻近的20多条乡村亦被拆毁。日军也拆卸了原本的航空大楼。

　　启德机场在第二次世界大战后期受到盟军的猛烈轰炸，严重损毁。最后日本在1945年8月15日投降。战后政府为重建机场，铲平了宋王台余下的“圣山”部份。

　　战后发展

　　1946年，民航处成立，专责管理香港的航空服务至今。

　　1954年，当时港英政府发表机场发展总纲计划，决定将启德发展成国际机场。政府填海建造一条长2，194米、从九龙湾伸延至维多利亚港的新跑道来取代旧的跑道。这就成为了启德机场关闭前仍然使用的13/31跑道。九龙湾填海工程于1958年9月完成，跑道于9月12日正式启用。工程把启德机场南移，原有跑道一部份被改建成停机坪，北面的部份则兴建了新蒲岗工业区及太子道东，而建于钻石山大磡村侧的一座皇家空军飞机库则没有被拆卸。1959年，跑道灯光系统启用。

　　1962年，启德机场新客运大楼及停车场落成并投入使用，控制塔亦迁至新客运大楼，而旧有的客运大楼则在1965年拆卸。1970年，跑道扩展成2，541米，以应付新一代大型喷射客机的需要。同年4月11日，首班波音747定期航班降落启德机场，由泛美航空营运。1974年1月7日，机场装置进场仪表导航系统，让飞机在恶劣天气下亦能在13跑道降落，机场使用量大幅增加。跑道在1975年再被填海扩展成3，390米，当时有31家航空公司在香港经营。1970年代初起，皇家空军已不再使用启德机场，启德成为全民用机场。

　　1976年，货运站正式启用；二次监察雷达亦开始被应用，以加强管制航空交通。同年11月5日，可作超音速飞行的和谐式客机首次在启德机场降落。翌日和谐机经新加坡再度抵港进行正式访问。当年启德机场的客运量为400万人次。